15 marca 1939 r. za sprawą Adolfa Hitlera Czechosłowacja przestała istnieć. Pod naciskiem przywódcy III Rzeszy – dzień wcześniej – Słowacy ogłosili niepodległość. Natomiast z ziem czeskich utworzono Protektorat Czech i Moraw i powołano urząd protektora Rzeszy, przy czym pozostawiono Czechom autonomiczne władze. W czasie II wojny światowej Słowacja współpracowała z III Rzeszą. Wysłała do obozów zagłady swoich żydowskich mieszkańców. Jej obywatele walczyli u boku armii niemieckiej. W końcowym okresie wojny, w sierpniu 1944 r., część Słowaków niezadowolonych z tej współpracy wywołała jednak powstanie antyniemieckie, które podobnie jak powstanie warszawskie zakończyło się klęską. Poza tym na emigracji, w Wielkiej Brytanii, funkcjonowały władze czechosłowackie skupione wokół prezydenta Edvarda Beneša, które od 1941 r. były uznawane przez państwa alianckie za legalne.